毛利侦探要去东京参加婚礼，小兰也想要去，就这样变成了毛利侦探带着小兰和柯南还有柯南的小伙伴步美，元太他们一起的旅行。出发之前阿笠博士送给柯南了一副带有微型窃听器的眼镜和一双可以增强脚力的鞋子。

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柯南突然发现新干线上有黑衣人，于是跟踪他们到了餐车，得知他们要进行交易。他把窃听器包在口香糖里悄悄放在了黑衣人的座位上，可是不小心被小兰看到了，他们还以为他在恶作剧。

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柯南听到了黑衣人的对话，原来他们跟车上的一个乘客进行了黄金价格的交易，还在情报箱子里装了炸弹，三点十分按下特殊的按键就会爆炸，到时候整个新干线都会化为灰烬。

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柯南为了拯救新干线上的人开始寻找那个和黑衣人交易的人，他推理出那个人应该是坐在二楼的无烟车厢，柯南跑到二楼假装爱玩的小孩子故意给乘客捣乱想要知道谁是交易对象。

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可是他找了很久也没发现什么线索，回到车厢后，他突然回想起刚刚有个阿姨说在窗口看到了富士山，可是他的位置是靠海的，只有在餐车才可能看到富士山，但是刚刚这个阿姨却说自己没有去过餐车。柯南判断出她在撒谎，而且想到了只要打电话就会启动炸弹，他急忙跑向二楼想要阻止阿姨打电话，可是一切都来不及了，电话已经拨出去了，柯南不得已跑向那个装有炸弹的箱子，利用阿笠博士送他的可以增强脚力的鞋子把箱子踢出了新干线拯救了几百个人。

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列车停下之后，那个交易黄金价格情报的女人被抓了，那两个卖给她情报还想杀人灭口的黑衣人也被逮捕了，虽然这次遇到的黑衣人不是把柯南变小的人，可是柯南还是做了一件大好事。