《蜡笔小新：呼风唤雨！金矛之勇者》的剧情如下：
在遥远的过去有一个传说，当黑暗笼罩世界，三神器“金矛”“银盾”“铜铃”集结之时，“被选中的勇者”就会出现，为世界带来光芒。
某一天，小新和妈妈美伢去百货商店购物，小新死缠烂打地让妈妈买了假面超人最新的玩具剑给他，然而回家后玩具剑竟变成了一根尺子。之后，小新在从幼稚园回家的路上遇到了一只黑色小狗，由于它和小白长得极为相像，小新将其取名为“小黑”并带回了家，小白和小黑开始了“同居”生活。
实际上，这是恶梦的开始。黑暗世界“don't cry”以“被选中的勇者”打开了连接地球的黑暗之门，其目的是用黑暗支配地球。一天夜晚，一位名叫布利琳的美女以美色勾引小新，并请求他办事，原来小新就是地球上被选中的勇者，而他见到美女就两眼发光的本性使得黑暗之门打开了！从这天起，野原家被各种不幸遭遇包围：父亲广志丧失了晋升机会，母亲美伢在超市降价战中遭遇失败，妹妹小葵更是整夜哭泣。没错，野原家正被黑暗所侵蚀！
某天深夜，小新去厕所时与一个名为玛塔的少女命运般地相遇了。玛塔是为保护作为勇者的小新而来，之后突然有敌人入侵，没有作为勇者自觉的小新，在玛塔特殊能力的帮助下，变身成战斗机，用重炮机击退了敌人。但在两人面前，出现了更强大的敌人——黑暗大王。
在麻达的鼓励和帮助下，小新拿起武器走上战场。他不仅要面对层出不穷的敌人，还要挑战强大且邪恶的幕后黑手，努力从黑暗世界中拯救地球！
