克隆人战争期间，克隆人军队被部署到整个星系。那么，在第66号令和银河共和国衰落之后，他们去了哪里呢？

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克隆人军队首次出现在《星球大战前传2：克隆人的进攻》中，他们在抑制分裂主义运动的战争中发挥了重要作用。他们与绝地一起并肩战斗并建立了友谊，但最终，所有克隆人都被西斯植入的一种行为矫正生物芯片所控制，并被迫执行帕皇的命令。

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最后，在《星球大战前传3:西斯的复仇》中，他们成为帕皇征服整个星系，消灭绝地教团的关键力量。

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克隆人军队是在分裂主义运动开始之前组建的，当时，绝地大师赛福-迪亚斯认为星系很快会陷入冲突，确保共和国安全的唯一方法，是组建一支忠于绝地和委员会的军队。但是，绝地委员会根本不认同他的观点，并最终将他逐出了委员会。

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赛福-迪亚斯决心执行自己的使命，于是，他在未获得委员会授权的情况下，瞒着银河议会委托卡米诺人开始组建克隆人军队。西斯发现这是个机会，派人杀死了赛福-迪亚斯，并由达斯·泰伦努斯接管了该计划，而卡米诺人对此并不知情。

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西斯控制克隆人军队后，每个克隆人都被植入了一个芯片，以确保在时机来临时，他们会听从帕皇的命令。因此，克隆人几乎不可能反抗第66号令，但他们的遗传密码也以其它方式进行了修改。

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所有克隆人都变得缺乏自主性，并比他们的基因原型赏金猎人詹戈·费特更具侵略性。最重要的是，为了确保他们可以更快进行战斗，并不断为军队提供补给，他们的老化过程被大大加快。因此，在克隆人战争后不久，他们就都被报废或遗弃了。

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在第66号令消灭整个星系间的绝地，帕皇成为皇帝后，帝国对克隆人军队的需求大大减少。在帝国统治的前几年，他们还充当了暴风兵，但最终，克隆计划被终止，帝国开始招募普通人类加入军队。由于老化被加快，剩下的克隆人被认为不适合参加军事行动，因此被报废。

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其中，有少量克隆人负责为帝国训练新兵，但也有一些克隆人打破了自身的程序设计，参加了复兴共和国的运动。在《星球大战：义军崛起》中，就有一名叫做雷克斯的克隆人加入了反叛军，甚至参加了恩多战役。

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不过，他只是个特例，曾在第66号令期间暂时反抗了编程命令。另一群克隆人被称为“残次品”，在克隆人战争后的数年中，他们一直充当雇佣兵，但却不再被政府使用。

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到最初的星战三部曲开始时，大多数以詹戈·费特为原型的克隆人都已经死亡，并在《星球大战7：原力觉醒》时完全灭绝，这时离前传三部曲已经过去几十年时间。

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克隆人军队本就是为战争而生，他们最初忠于共和国，后来被迫服务于帝国。他们被大量生产，而后即被遗弃，因此，他们的命运非常悲惨，但这也是他们的宿命。

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