《小女不听将军令》是一部古装穿越爱情剧。
考古系女大学生苏可在一次课外实践中意外触发将军令，穿越到了一个名为吾国的古代世界。此时，大将军戴羽正忙于调查一系列连环杀人案件。由于苏可与死者外貌惊人地相似，戴羽利用将军令的力量，将她带回府中作为保护对象。
都城局势复杂，苏可多次遭遇不明势力的暗杀，于是她决定与戴羽联手，揭开凶手的真面目。在调查过程中，苏可结识了陆离山庄的少庄主陆辰，还得到了觐见皇帝的机会，令人震惊的是，这位皇帝竟是她的同社团成员孙铎。原来苏可的同学们都穿越到了这个时空，只是由于穿越的时间点不同，他们的年龄、经历和性格都发生了巨大的变化。
在孙铎的协助下，苏可与戴羽成功找到了凶手，并将其抓捕归案。然而，戴羽在审查过程中发现了更多线索，怀疑背后还有更大的阴谋。与此同时，苏可也意外发现陆离山庄的庄主陆离公竟然是她的另一位同学小六。
两人携手深入调查，逐渐发现所有线索都指向了吾国的皇帝孙铎。苏可为了找到重回现代的方法，试图逃离将军府，却发现这段旅程充满艰险。幸运的是，有戴羽陪伴左右，两人从互相嫌弃到互相保护，共同解开了谜团，也收获了一段令人心动的爱恋。
